Human genetic structure in Northwest France provides new insights into West European historical demography
Isabel Alves
(1, 2, 3, 4)
,
Joanna Giemza
(2, 3)
,
Michael Blum
(5)
,
Carolina Bernhardsson
(6)
,
Stéphanie Chatel
(2, 3)
,
Matilde Karakachoff
(2, 3, 7)
,
Aude Saint Pierre
(8)
,
Anthony Herzig
(8)
,
Robert Olaso
(9, 10)
,
Martial Monteil
(11, 12)
,
Véronique Gallien
(13, 14)
,
Elodie Cabot
(13, 15)
,
Emma Svensson
(6)
,
Delphine Bacq
(9, 10)
,
Estelle Baron
(2, 3)
,
Charlotte Berthelier
(2, 3)
,
Céline Besse
(9, 10)
,
Hélène Blanché
(16)
,
Ozvan Bocher
(8)
,
Anne Boland
(9, 10)
,
Stéphanie Bonnaud
(17, 3)
,
Eric Charpentier
(17, 3)
,
Claire Dandine-Roulland
(9, 18)
,
Claude Férec
(8)
,
Christine Fruchet
(17, 3)
,
Simon Lecointe
(3, 17)
,
Edith Le Floch
(18, 9)
,
Thomas Ludwig
(19)
,
Gaëlle Marenne
(19)
,
Vincent Meyer
(18, 9)
,
Elisabeth Quellery
(17, 20)
,
Fernando Racimo
(21, 22)
,
Karen Rouault
(19, 8, 23)
,
Florian Sandron
(18, 9)
,
Jean-Jacques Schott
(17, 20)
,
Lourdes Velo-Suarez
(19, 8, 24)
,
Jade Violleau
(17, 20)
,
Eske Willerslev
(21, 25)
,
Yves Coativy
(26)
,
Mael Jézéquel
(26)
,
Daniel Le Bris
(26)
,
Clément Nicolas
(27)
,
Yvan Pailler
(28, 29, 30)
,
Marcel Goldberg
(31, 32)
,
Marie Zins
(32, 31)
,
Hervé Le Marec
(17, 33)
,
Mattias Jakobsson
(6)
,
Pierre Darlu
(34)
,
Emmanuelle Génin
(8)
,
Jean-François Deleuze
(9, 16, 35, 36)
,
Richard Redon
(17, 33)
,
Christian Dina
(17, 33)
1
UNISTRA -
Université de Strasbourg
2 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital
3 ITX-lab - ITX-lab unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291
4 GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
5 TIMC - Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525
6 Uppsala University
7 CIC 0004 - Nantes - Centre d'investigation clinique (CIC) de Nantes -CIC Plurithématique
8 GGB - Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078)
9 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
10 GENMED - Laboratoire d'excellence en GENomique MEDicale
11 CReAAH - Centre de Recherche en Archéologie, Archéosciences, Histoire
12 LARA - Laboratoire de recherche ARchéologie et Architecture
13 Inrap - Institut national de recherches archéologiques préventives
14 CEPAM - Culture et Environnements, Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age
15 ADES - Anthropologie bio-culturelle, Droit, Ethique et Santé
16 CEPH - Fondation Jean Dausset - Centre d’Etudes du Polymorphisme Humain [Paris]
17 Nantes Univ - Nantes Université
18 Université Paris-Saclay
19 UBO - Université de Brest
20 ITSN - PHU 2 - Institut du Thorax et du Sytème Nerveux [CHU Nantes]
21 Globe Institute
22 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
23 Etablissement Français du Sang (EFS) [Créteil]
24 Etablissement Français du Sang Bretagne
25 CAM - University of Cambridge [UK]
26 CRBC Brest - Centre de recherche bretonne et celtique
27 Trajectoires - UMR 8215
28 LETG - Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554
29 CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
30 CPJP - Centre de Philosophie Juridique et Politique
31 UPCité - Université Paris Cité
32 IT - INSERM-TRANSFERT [Paris]
33 Institut du Thorax [Nantes]
34 EA - Éco-Anthropologie
35 CRefIX - Centre de référence, d’innovation, d’expertise et de transfert
36 UMS CNRS 3628 - INRAE 1396 - Inserm 026 - France Génomique
2 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital
3 ITX-lab - ITX-lab unité de recherche de l'institut du thorax UMR1087 UMR6291
4 GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
5 TIMC - Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525
6 Uppsala University
7 CIC 0004 - Nantes - Centre d'investigation clinique (CIC) de Nantes -CIC Plurithématique
8 GGB - Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078)
9 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
10 GENMED - Laboratoire d'excellence en GENomique MEDicale
11 CReAAH - Centre de Recherche en Archéologie, Archéosciences, Histoire
12 LARA - Laboratoire de recherche ARchéologie et Architecture
13 Inrap - Institut national de recherches archéologiques préventives
14 CEPAM - Culture et Environnements, Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age
15 ADES - Anthropologie bio-culturelle, Droit, Ethique et Santé
16 CEPH - Fondation Jean Dausset - Centre d’Etudes du Polymorphisme Humain [Paris]
17 Nantes Univ - Nantes Université
18 Université Paris-Saclay
19 UBO - Université de Brest
20 ITSN - PHU 2 - Institut du Thorax et du Sytème Nerveux [CHU Nantes]
21 Globe Institute
22 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
23 Etablissement Français du Sang (EFS) [Créteil]
24 Etablissement Français du Sang Bretagne
25 CAM - University of Cambridge [UK]
26 CRBC Brest - Centre de recherche bretonne et celtique
27 Trajectoires - UMR 8215
28 LETG - Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554
29 CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
30 CPJP - Centre de Philosophie Juridique et Politique
31 UPCité - Université Paris Cité
32 IT - INSERM-TRANSFERT [Paris]
33 Institut du Thorax [Nantes]
34 EA - Éco-Anthropologie
35 CRefIX - Centre de référence, d’innovation, d’expertise et de transfert
36 UMS CNRS 3628 - INRAE 1396 - Inserm 026 - France Génomique
Joanna Giemza
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1411299
- ORCID : 0009-0004-4931-8826
Carolina Bernhardsson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1358561
- ORCID : 0000-0002-3258-275X
Anthony Herzig
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1143904
- ORCID : 0000-0001-9392-9924
- IdRef : 254067239
Robert Olaso
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774936
- ORCID : 0000-0001-7631-9657
Delphine Bacq
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1411300
- ORCID : 0000-0002-6965-8244
Estelle Baron
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766600
- ORCID : 0000-0002-5509-3086
Charlotte Berthelier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1148850
- IdHAL : charlotte-berthelier
- ORCID : 0000-0002-9349-7233
Hélène Blanché
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766613
- ORCID : 0000-0003-2115-575X
Anne Boland
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757786
- ORCID : 0000-0001-8789-5676
Stéphanie Bonnaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1229641
- ORCID : 0000-0001-9571-7693
Claude Férec
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1028449
- ORCID : 0000-0002-2325-0710
Thomas Ludwig
- Fonction : Auteur
- PersonId : 754585
- IdHAL : thomas-e-ludwig
- ORCID : 0000-0002-9996-1084
- IdRef : 132042843
Gaëlle Marenne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 752532
- IdHAL : gaelle-marenne
- ORCID : 0000-0002-4363-7170
- IdRef : 182041603
Fernando Racimo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1159713
- ORCID : 0000-0002-5025-2607
Eske Willerslev
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1159714
- ORCID : 0000-0002-7081-6748
- IdRef : 155828312
Yves Coativy
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1411301
- ORCID : 0000-0003-4829-3335
Marcel Goldberg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756730
- ORCID : 0000-0002-6161-5880
- IdRef : 028740637
Marie Zins
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756219
- ORCID : 0000-0002-4540-4282
- IdRef : 074613324
Hervé Le Marec
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1411302
- ORCID : 0000-0002-8288-8693
Mattias Jakobsson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760964
- ORCID : 0000-0001-7840-7853
Emmanuelle Génin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 181372
- IdHAL : emmanuelle-genin
- ORCID : 0000-0003-4117-2813
- IdRef : 114211302
Jean-François Deleuze
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1391484
- IdHAL : jean-francois-deleuze
- ORCID : 0000-0002-5358-4463
Richard Redon
- Fonction : Autre
- PersonId : 758188
- ORCID : 0000-0001-7751-2280
- IdRef : 069236984
Christian Dina
- Fonction : Autre
- PersonId : 756757
- ORCID : 0000-0002-7722-7348
- IdRef : 185866557
Résumé
The demographical history of France remains largely understudied despite its central role toward understanding modern population structure across Western Europe. Here, by exploring publicly available Europe-wide genotype datasets together with the genomes of 3234 present-day and six newly sequenced medieval individuals from Northern France, we found extensive fine-scale population structure across Brittany and the downstream Loire basin and increased population differentiation between the northern and southern sides of the river Loire, associated with higher proportions of steppe vs. Neolithic-related ancestry. We also found increased allele sharing between individuals from Western Brittany and those associated with the Bell Beaker complex. Our results emphasise the need for investigating local populations to better understand the distribution of rare (putatively deleterious) variants across space and the importance of common genetic legacy in understanding the sharing of disease-related alleles between Brittany and people from western Britain and Ireland.