Communication Dans Un Congrès Année : 2022

Plasma : plateforme d’e-learning pour l’analyse interactive de données

Pierre Poulain
Jérémy Tuloup
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1451409
Claire Vandiedonck
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1451410
Sandrine Caburet
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1358164

Résumé

L’objectif de Plasma ([https://plasmabio.org/](https://plasmabio.org/)) est de former les étudiants à l'exploration et à l'analyse de données massives, principalement issues d’expériences de génomique en biologie. Ce projet est basé sur l'utilisation de notebooks Jupyter, véritables carnets électroniques interactifs, qui intègrent du code informatique, du texte, des équations mathématiques et la visualisation des résultats d'analyse sous forme de graphiques ou de tableaux. Cette technologie devient progressivement un standard pour l'analyse de données, comme en témoignent, par exemple, les récentes publications scientifiques sur le sujet. Ces notebooks sont hébergés sur un serveur informatique performant basé sur la technologie open source JupyterHub. Nous avons développé une évolution de cette technologie qui permet aux enseignants de créer des environnements informatiques à façon suivant les enseignements ciblés. Les étudiants peuvent se connecter à distance quand et d’où ils le souhaitent pour effectuer leurs analyses dans un environnement convivial et performant. Nous avons utilisé cette solution de septembre 2020 à avril 2021, pour des cours de programmation Python, R et d’analyses de données RNA-seq. Malgré des conditions sanitaires difficiles, nos étudiants ont pu poursuivre leurs enseignements pratiques grâce à cette solution, qu’ils ont appréciée et plébiscitée. Ce projet est réalisé en collaboration avec QuantStack, une société fortement impliquée dans le développement de l'écosystème Jupyter. Plasma est open source, documenté et librement accessible à la communauté universitaire.

Domaines

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Origine Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
Format Vidéo
Format Présentation

Dates et versions

hal-04808193 , version 1 (28-11-2024)

Licence

Identifiants

  • HAL Id : hal-04808193 , version 1

Citer

Pierre Poulain, Jérémy Tuloup, Claire Vandiedonck, Sandrine Caburet. Plasma : plateforme d’e-learning pour l’analyse interactive de données. JRES (Journées réseaux de l'enseignement et de la recherche ) 2021, Renater, May 2022, Marseille, France. ⟨hal-04808193⟩
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