Invisibles à l’÷il nu, les microorganismes représentent pourtant la plus grande partie de la diversité du monde vivant et des fonctions biologiques qui assurent l’évolution de la vie sur notre planète. Seule la connaissance des relations entre changements environnementaux et changements de la diversité des communautés de microorganismes peut permettre, à terme, la maîtrise des processus microbiens qui gouvernent le fonctionnement et la pérennité de notre environnement.
Au sein du laboratoire (UMR CNRS 6023), plus de 110 chercheurs, enseignant-chercheurs, praticiens hospitaliers, ingénieurs, techniciens et contractuels, répartis dans 6 équipes de recherche, travaillent actuellement sur les microorganismes procaryotes et eucaryotes (Archées, Bactéries, Protistes, Champignons), ainsi que sur les virus, depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu’aux rôles de ces organismes dans les écosystèmes. La spécificité du laboratoire consiste à associer, au sein d’une même structure, des compétences au niveau de la génomique et de la post-génomique d’une part, et au niveau de la biologie des populations et des écosystèmes et de l’écologie, d’autre part. Une autre spécificité de l’unité réside dans son positionnement renforcé à l’interface environnement – santé, ce qui lui permet de mener des recherches liées aux enjeux scientifiques émergents dans le domaine de l’écologie de la santé. Notre démarche vise donc à rapprocher génome, environnement et santé, en mettant les concepts et les outils de génomique et de post-génomique au service de questions scientifiques ayant trait au fonctionnement des écosystèmes et à l’écologie de la santé.
La stratégie scientifique de l’unité est construite autour de 3 grands domaines scientifiques :
- (i) parasitisme et écosystèmes microbiens,
- (ii) écologie trophique et fonctionnelle,
- (iii) écologie de la santé et écotoxicologie.
Plus précisément, les microorganismes sont étudiés en tant que acteurs essentiels (i) dans le fonctionnement des écosystèmes (notamment aquatiques et terrestres) sous forçage naturel et/ou anthropique, (ii) dans l’analyse des risques liés à l’introduction de contaminants biotiques et abiotiques, et (iii) comme sources de maladies infectieuses en lien avec des problématiques environnementales (nosémoses d’abeilles, maladies émergentes, infections nosocomiales, présence d’entérovirus et autres pathogènes, circulation des gènes de résistance aux antibiotiques,…).
Ces recherches, fondamentales, sont porteuses d’enjeux socio-économiques et biotechnologiques, dans les domaines de la gestion des ressources naturelles, des services écosystémiques et de la santé humaine et animale
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