Phylogénétique : quelles mesures de support pour les branches d'un arbre
Résumé
Une fois une phylogénie estimée, se pose la question du support de ses branches et des inférences associées : Décrivent-elles la réalité du passé biologique ? Sontelles fiables, reproductibles, robustes ? Ou à l'inverse peut-on conclure que le signal contenu dans les données ne permet pas de trancher entre plusieurs hypothèses alternatives ? De nombreuses approches ont été proposées pour répondre à ces questions. Nous décrivons dans ce chapitre les principales méthodes utilisées aujourd'hui en phylogénétique. Certaines sont locales et demandent peu de temps calcul. D'autres comme le bootstrap requièrent à l'inverse des calculs lourds mais donnent une vision plus globale. On distingue les méthodes paramétriques qui font explicitement appel à un modèle de l'évolution des séquences et se basent sur la fonction de vraisemblance ou la distribution a posteriori dans un cadre Bayésien, et les approches non-paramétriques qui reposent sur moins d'hypothèses explicites. On trouvera quatre parties dans ce chapitre : (1) supports locaux ; (2) bootstrap phylogénétique de Felsenstein et bootstrap de transfert ; (3) supports Bayésiens basés sur les probabilités a posteriori; (4) comparaison de ces approches et discussion.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)