Population Genomics of Stone Age Eurasia - CNRS - Centre national de la recherche scientifique Accéder directement au contenu
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2023

Population Genomics of Stone Age Eurasia

Morten Allentoft , Martin Sikora , Alba Refoyo-Martínez , Evan Irving-Pease , Anders Fischer , William Barrie , Andrés Ingason , Jesper Stenderup , Karl-Göran Sjögren , Alice Pearson , Bárbara Sousa da Mota , Bettina Schulz Paulsson , Alma Halgren , Ruairidh Macleod , Marie Louise Schjellerup Jørkov , Fabrice Demeter , Maria Novosolov , Lasse Sørensen , Poul Otto Nielsen , Rasmus H.A. Henriksen , Tharsika Vimala , Hugh Mccoll , Ashot Margaryan , Melissa Ilardo , Andrew Vaughn , Morten Fischer Mortensen , Anne Birgitte Nielsen , Mikkel Ulfeldt Hede , Peter Rasmussen , Lasse Vinner , Gabriel Renaud , Aaron Stern , Theis Zetner Trolle Jensen , Niels Nørkjær Johannsen , Gabriele Scorrano , Hannes Schroeder , Per Lysdahl , Abigail Daisy Ramsøe , Andrei Skorobogatov , Andrew Joseph Schork , Anders Rosengren , Anthony Ruter , Alan Outram , Aleksey Timoshenko , Alexandra Buzhilova , Alfredo Coppa , Alisa Zubova , Ana Maria Silva , Anders Hansen , Andrey Gromov , Andrey Logvin , Anne Birgitte Gotfredsen , Bjarne Henning Nielsen , Borja González-Rabanal , Carles Lalueza-Fox , Catriona Mckenzie , Charleen Gaunitz , Concepción Blasco , Corina Liesau , Cristina Martinez-Labarga , Dmitri Pozdnyakov , David Cuenca-Solana , David Lordkipanidze , Dmitri En’shin , Domingo Salazar-García , T. Douglas Price , Dušan Borić , Elena Kostyleva , Elizaveta Veselovskaya , Emma Usmanova , Enrico Cappellini , Erik Brinch Petersen , Esben Kannegaard , Francesca Radina , Fulya Eylem Yediay , Henri Duday , Igor Gutiérrez-Zugasti , Inna Potekhina , Irina Shevnina , Isin Altinkaya , Jean Guilaine , Jesper Hansen , Joan Emili Aura Tortosa , João Zilhão , Jorge Vega , Kristoffer Buck Pedersen , Krzysztof Tunia , Lei Zhao , Liudmila Mylnikova , Lars Larsson , Laure Metz , Levon Yepiskoposyan , Lisbeth Pedersen , Lucia Sarti , Ludovic Orlando , Ludovic Slimak (1) , Lutz Klassen , Malou Blank , Manuel González-Morales , Mara Silvestrini , Maria Vretemark , Marina Nesterova , Marina Rykun , Mario Federico Rolfo , Marzena Szmyt , Marcin Przybyła , Mauro Calattini , Mikhail Sablin , Miluše Dobisíková , Morten Meldgaard , Morten Johansen , Natalia Berezina , Nick Card , Nikolai Saveliev , Olga Poshekhonova , Olga Rickards , Olga Lozovskaya , Olivér Gábor , Otto Christian Uldum , Paola Aurino , Pavel Kosintsev , Patrice Courtaud , Patricia Ríos , Peder Mortensen , Per Lotz , Per Persson , Pernille Bangsgaard , Peter de Barros Damgaard , Peter Vang Petersen , Pilar Prieto Martinez , Piotr Włodarczak , Roman Smolyaninov , Rikke Maring , Roberto Menduiña , Ruben Badalyan , Rune Iversen , Ruslan Turin , Sergey Vasilyiev , Sidsel Wåhlin , Svetlana Borutskaya , Svetlana Skochina , Søren Anker Sørensen , Søren Andersen , Thomas Jørgensen , Yuri Serikov , Vyacheslav Molodin , Vaclav Smrcka , Victor Merz , Vivek Appadurai , Vyacheslav Moiseyev , Yvonne Magnusson , Kurt Kjær , Niels Lynnerup , Daniel Lawson , Peter Sudmant , Simon Rasmussen , Thorfinn Korneliussen , Richard Durbin , Rasmus Nielsen , Olivier Delaneau , Thomas Werge , Fernando Racimo , Kristian Kristiansen , Eske Willerslev
Morten Allentoft
Martin Sikora
Alba Refoyo-Martínez
Evan Irving-Pease
Anders Fischer
William Barrie
Andrés Ingason
  • Fonction : Auteur
Jesper Stenderup
  • Fonction : Auteur
Karl-Göran Sjögren
Alice Pearson
  • Fonction : Auteur
Bárbara Sousa da Mota
Bettina Schulz Paulsson
  • Fonction : Auteur
Alma Halgren
  • Fonction : Auteur
Ruairidh Macleod
Marie Louise Schjellerup Jørkov
Fabrice Demeter
Maria Novosolov
Lasse Sørensen
  • Fonction : Auteur
Poul Otto Nielsen
  • Fonction : Auteur
Rasmus H.A. Henriksen
Tharsika Vimala
Hugh Mccoll
Ashot Margaryan
Melissa Ilardo
  • Fonction : Auteur
Andrew Vaughn
  • Fonction : Auteur
Morten Fischer Mortensen
  • Fonction : Auteur
Anne Birgitte Nielsen
  • Fonction : Auteur
Mikkel Ulfeldt Hede
  • Fonction : Auteur
Peter Rasmussen
  • Fonction : Auteur
Lasse Vinner
Gabriel Renaud
  • Fonction : Auteur
Aaron Stern
  • Fonction : Auteur
Theis Zetner Trolle Jensen
  • Fonction : Auteur
Niels Nørkjær Johannsen
Gabriele Scorrano
Hannes Schroeder
Per Lysdahl
  • Fonction : Auteur
Abigail Daisy Ramsøe
Andrei Skorobogatov
  • Fonction : Auteur
Andrew Joseph Schork
Anders Rosengren
Anthony Ruter
Alan Outram
Aleksey Timoshenko
Alexandra Buzhilova
Alfredo Coppa
  • Fonction : Auteur
Alisa Zubova
Ana Maria Silva
Anders Hansen
  • Fonction : Auteur
Andrey Gromov
Andrey Logvin
  • Fonction : Auteur
Anne Birgitte Gotfredsen
  • Fonction : Auteur
Bjarne Henning Nielsen
  • Fonction : Auteur
Borja González-Rabanal
Carles Lalueza-Fox
  • Fonction : Auteur
Catriona Mckenzie
  • Fonction : Auteur
Charleen Gaunitz
  • Fonction : Auteur
Concepción Blasco
  • Fonction : Auteur
Corina Liesau
  • Fonction : Auteur
Cristina Martinez-Labarga
  • Fonction : Auteur
Dmitri Pozdnyakov
  • Fonction : Auteur
David Cuenca-Solana
  • Fonction : Auteur
David Lordkipanidze
  • Fonction : Auteur
Dmitri En’shin
  • Fonction : Auteur
Domingo Salazar-García
  • Fonction : Auteur
T. Douglas Price
  • Fonction : Auteur
Dušan Borić
  • Fonction : Auteur
Elena Kostyleva
  • Fonction : Auteur
Elizaveta Veselovskaya
  • Fonction : Auteur
Emma Usmanova
  • Fonction : Auteur
Enrico Cappellini
Erik Brinch Petersen
  • Fonction : Auteur
Esben Kannegaard
  • Fonction : Auteur
Francesca Radina
  • Fonction : Auteur
Fulya Eylem Yediay
Henri Duday
  • Fonction : Auteur
Igor Gutiérrez-Zugasti
Inna Potekhina
  • Fonction : Auteur
Irina Shevnina
  • Fonction : Auteur
Isin Altinkaya
Jean Guilaine
  • Fonction : Auteur
Jesper Hansen
Joan Emili Aura Tortosa
João Zilhão
Jorge Vega
  • Fonction : Auteur
Kristoffer Buck Pedersen
  • Fonction : Auteur
Krzysztof Tunia
  • Fonction : Auteur
Lei Zhao
Liudmila Mylnikova
  • Fonction : Auteur
Lars Larsson
  • Fonction : Auteur
Laure Metz
  • Fonction : Auteur
Levon Yepiskoposyan
Lisbeth Pedersen
  • Fonction : Auteur
Lucia Sarti
  • Fonction : Auteur
Ludovic Orlando
Lutz Klassen
  • Fonction : Auteur
Malou Blank
Manuel González-Morales
Mara Silvestrini
  • Fonction : Auteur
Maria Vretemark
  • Fonction : Auteur
Marina Nesterova
  • Fonction : Auteur
Marina Rykun
Mario Federico Rolfo
  • Fonction : Auteur
Marzena Szmyt
Marcin Przybyła
  • Fonction : Auteur
Mauro Calattini
  • Fonction : Auteur
Mikhail Sablin
Miluše Dobisíková
  • Fonction : Auteur
Morten Meldgaard
  • Fonction : Auteur
Morten Johansen
Natalia Berezina
Nick Card
  • Fonction : Auteur
Nikolai Saveliev
  • Fonction : Auteur
Olga Poshekhonova
Olga Rickards
  • Fonction : Auteur
Olga Lozovskaya
Olivér Gábor
  • Fonction : Auteur
Otto Christian Uldum
  • Fonction : Auteur
Paola Aurino
  • Fonction : Auteur
Pavel Kosintsev
Patrice Courtaud
  • Fonction : Auteur
Patricia Ríos
  • Fonction : Auteur
Peder Mortensen
  • Fonction : Auteur
Per Lotz
  • Fonction : Auteur
Per Persson
  • Fonction : Auteur
Pernille Bangsgaard
Peter de Barros Damgaard
  • Fonction : Auteur
Peter Vang Petersen
  • Fonction : Auteur
Pilar Prieto Martinez
Piotr Włodarczak
  • Fonction : Auteur
Roman Smolyaninov
  • Fonction : Auteur
Rikke Maring
Roberto Menduiña
  • Fonction : Auteur
Ruben Badalyan
  • Fonction : Auteur
Rune Iversen
Ruslan Turin
  • Fonction : Auteur
Sergey Vasilyiev
  • Fonction : Auteur
Sidsel Wåhlin
  • Fonction : Auteur
Svetlana Borutskaya
Svetlana Skochina
  • Fonction : Auteur
Søren Anker Sørensen
  • Fonction : Auteur
Søren Andersen
  • Fonction : Auteur
Thomas Jørgensen
  • Fonction : Auteur
Yuri Serikov
  • Fonction : Auteur
Vyacheslav Molodin
  • Fonction : Auteur
Vaclav Smrcka
Victor Merz
  • Fonction : Auteur
Vivek Appadurai
  • Fonction : Auteur
Vyacheslav Moiseyev
Yvonne Magnusson
Kurt Kjær
  • Fonction : Auteur
Niels Lynnerup
Daniel Lawson
Peter Sudmant
Simon Rasmussen
  • Fonction : Auteur
Thorfinn Korneliussen
  • Fonction : Auteur
Richard Durbin
Rasmus Nielsen
Olivier Delaneau
Thomas Werge
Fernando Racimo
Kristian Kristiansen
  • Fonction : Auteur
Eske Willerslev

Résumé

Summary Several major migrations and population turnover events during the later Stone Age (after c. 11,000 cal. BP) are believed to have shaped the contemporary population genetic diversity in Eurasia. While the genetic impacts of these migrations have been investigated on regional scales, a detailed understanding of their spatiotemporal dynamics both within and between major geographic regions across Northern Eurasia remains largely elusive. Here, we present the largest shotgun-sequenced genomic dataset from the Stone Age to date, representing 317 primarily Mesolithic and Neolithic individuals from across Eurasia, with associated radiocarbon dates, stable isotope data, and pollen records. Using recent advances, we imputed >1,600 ancient genomes to obtain accurate diploid genotypes, enabling previously unachievable fine-grained population structure inferences. We show that 1) Eurasian Mesolitic hunter-gatherers were more genetically diverse than previously known, and deeply divergent between the west and the east; 2) Hitherto genetically undescribed hunter-gatherers from the Middle Don region contributed significant ancestry to the later Yamnaya steppe pastoralists; 3) The genetic impact of the transition from Mesolithic hunter-gatherers to Neolithic farmers was highly distinct, east and west of a “Great Divide” boundary zone extending from the Black Sea to the Baltic, with large-scale shifts in genetic ancestry to the west. This include an almost complete replacement of hunter-gatherers in Denmark, but no substantial shifts during the same period further to the east; 4) Within-group relatedness changes substantially during the Neolithic transition in the west, where clusters of Neolithic farmer-associated individuals show overall reduced relatedness, while genetic relatedness remains high until ~4,000 BP in the east, consistent with a much longer persistence of smaller localised hunter-gatherer groups; 5) A fast-paced second major genetic transformation beginning around 5,000 BP, with Steppe-related ancestry reaching most parts of Europe within a 1,000 years span. Local Neolithic farmers admixed with incoming pastoralists in most parts of Europe, whereas Scandinavia experienced another near-complete population replacement, with similar dramatic turnover-patterns also evident in western Siberia; 6) Extensive regional differences in the ancestry components related to these early events remain visible to this day, even within countries (research conducted using the UK Biobank resource). Neolithic farmer ancestry is highest in southern and eastern England while Steppe-related ancestry is highest in the Celtic populations of Scotland, Wales, and Cornwall. Overall, our findings show that although the Stone-Age migrations have been important in shaping contemporary genetic diversity in Eurasia, their dynamics and impact were geographically highly heterogeneous.
Fichier principal
Vignette du fichier
Population Genomics of Stone Age Eurasia -.pdf (23.97 Mo) Télécharger le fichier
Population Genomics of Stone Age Eurasia - (1).pdf (23.97 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

halshs-03869223 , version 1 (10-11-2023)

Identifiants

Citer

Morten Allentoft, Martin Sikora, Alba Refoyo-Martínez, Evan Irving-Pease, Anders Fischer, et al.. Population Genomics of Stone Age Eurasia. 2023. ⟨halshs-03869223⟩
90 Consultations
4 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More