B cell receptor repertoire analysis in clinical context : new approaches for clonal grouping, intra-clonal diversity studies, and repertoire visualization - CNRS - Centre national de la recherche scientifique Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2021

B cell receptor repertoire analysis in clinical context : new approaches for clonal grouping, intra-clonal diversity studies, and repertoire visualization

Analyse du répertoire des récepteurs des lymphocytes B dans un contexte clinique : nouvelles approches pour le regroupement clonal, les études de diversité intra-clonale et la visualisation du répertoire

Résumé

Next-generation sequencing has enabled researchers to conduct in-depth analyses of the immunological repertoire landscape. However, a significant concern in these studies is the computational cost of analyzing millions of sequences with inherent complexity, variability, and mutational capacity, imposing computational challenges and necessitating the development of efficient methods. This challenge is even more evident in the clinical context that does not necessarily have access to professionals with computing skills or robust computational resources. Thus, the main goal of this thesis is to develop a set of dedicated and integrated tools to be used in the clinical environment, for medical diagnostic and patient care, and in the research environment, to perform large-scale and in-depth repertoire analysis. We have designed and implemented multiple algorithms and gathered them in a user-friendly interactive BCR repertoire visualization pipeline to facilitate the process of integrating BCR repertoire analysis into medical practices.
Le séquençage de nouvelle génération a permis aux chercheurs de réaliser des analyses approfondies du paysage du répertoire immunologique. Cependant, une préoccupation importante dans ces études est le coût informatique de l'analyse de millions de séquences avec une complexité, une variabilité et une capacité de mutation inhérentes, imposant des défis informatiques et nécessitant le développement de méthodes efficaces. Ce défi est encore plus évident dans le contexte clinique qui n'a pas nécessairement accès à des professionnels ayant des compétences informatiques ou des ressources informatiques robustes. Ainsi, l'objectif principal de cette thèse est de développer un ensemble d'outils dédiés qui seront utilisés dans l'environnement clinique, pour le diagnostic médical et les soins aux patients, et dans l'environnement de recherche, pour effectuer une analyse approfondie et à grande échelle du répertoire. Nous avons conçu et implémenté de multiples algorithmes et les avons rassemblés dans un pipeline interactif de visualisation du répertoire BCR afin de faciliter le processus d'intégration de l'analyse du répertoire BCR dans les pratiques médicales.
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ABDOLLAHI_Nika_2021.pdf (9.36 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03482030 , version 1 (15-12-2021)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03482030 , version 1

Citer

Nika Abdollahi. B cell receptor repertoire analysis in clinical context : new approaches for clonal grouping, intra-clonal diversity studies, and repertoire visualization. Immunology. Sorbonne Université, 2021. English. ⟨NNT : 2021SORUS063⟩. ⟨tel-03482030⟩
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