Les quelques restes humains découverts à Klimonas proviennent de contextes archéologiques variés et de plusieurs structures. La majorité d’entre eux a été mise au jour dans la structure 10. Cinq fragments de voûte crânienne, une portion gauche de corps mandibulaire et une canine supérieure droite se trouvaient dans les banquettes intérieures du bâtiment 1. La phase 2 de ce même Bâtiment communautaire (St 10) a livré un fragment de maxillaire gauche et un fragment de pariétal, et la colluvion située au-dessus de la structure 10, une incisive centrale supérieure gauche. Dans le Secteur B, un fragment de pariétal droit et une incisive latérale supérieure droite proviennent du bâtiment B09, un autre fragment de pariétal droit de la zone centrale de ce secteur. Aucun remontage entre les différents éléments osseux n’est possible. Les vestiges découverts dans le bâtiment 1 peuvent appartenir à un même individu mais la différence entre le degré d’usure observé sur les dents en place dans le fragment de maxillaire et celui observé sur les dents isolées suggère la présence d’au moins 2 individus. Pour le Secteur B, le nombre minimum d’individus est estimé à un. Il s’agit des plus anciens restes humains connus à Chypre, ceux de Shillourokambos, Kissonerga-Mylouthkia et Akanthou-Arkosykos datant du 8e millénaire av. J.-C. Malgré le caractère très incomplet de ces vestiges et bien qu’aucune trace de pratique funéraire n’ait été observée à Klimonas, certaines observations peuvent être faites. Seuls des restes crâniens sont présents et la plupart d’entre eux ont été mis au jour dans des bâtiments, à l’intérieur de banquettes ou de murs ; quatre proviennent de la même banquette située dans la phase 1 du Bâtiment communautaire, près de l’entrée. Nous ne pouvons pas exclure que le crâne humain ait eu une signification particulière à Klimonas mais les données sont trop ténues pour le démontrer. Tous les restes humains pourraient également provenir de sépultures perturbées et avoir été apportés dans les bâtiments avec la terre utilisée pour leur construction ou pour celle des structures intérieures. Par ailleurs, le fait que certains os soient brûlés pourrait être dû à une exposition accidentelle au feu. Ces quelques observations interrogent sur les pratiques funéraires des premiers habitants de Chypre et demandent à être complétées par d’autres découvertes.