Fly Cell Atlas: a single-cell transcriptomic atlas of the adult fruit fly - CNRS - Centre national de la recherche scientifique Accéder directement au contenu
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2021

Fly Cell Atlas: a single-cell transcriptomic atlas of the adult fruit fly

Hongjie Li
  • Fonction : Auteur
Jasper Janssens
  • Fonction : Auteur
Maxime de Waegeneer
  • Fonction : Auteur
Sai Saroja Kolluru
  • Fonction : Auteur
Kristofer Davie
  • Fonction : Auteur
Vincent Gardeux
Wouter Saelens
  • Fonction : Auteur
Fabrice David
  • Fonction : Auteur
Maria Brbić
  • Fonction : Auteur
Jure Leskovec
  • Fonction : Auteur
Colleen Mclaughlin
  • Fonction : Auteur
Qijing Xie
  • Fonction : Auteur
Robert Jones
  • Fonction : Auteur
Katja Brueckner
  • Fonction : Auteur
Jiwon Shim
  • Fonction : Auteur
Sudhir Gopal Tattikota
  • Fonction : Auteur
Katja Rust
  • Fonction : Auteur
Todd Nystul
Zita Carvalho-Santos
  • Fonction : Auteur
Carlos Ribeiro
  • Fonction : Auteur
Soumitra Pal
Teresa Przytycka
  • Fonction : Auteur
Aaron Allen
  • Fonction : Auteur
Stephen Goodwin
  • Fonction : Auteur
Cameron Berry
  • Fonction : Auteur
Margaret Fuller
  • Fonction : Auteur
Helen White-Cooper
Erika Matunis
  • Fonction : Auteur
Stephen Dinardo
Anthony Galenza
  • Fonction : Auteur
Lucy Erin O’brien
  • Fonction : Auteur
Julian Dow
  • Fonction : Auteur
Heinrich Jasper
  • Fonction : Auteur
Brian Oliver
  • Fonction : Auteur
Norbert Perrimon
  • Fonction : Auteur
Bart Deplancke
Stephen Quake
  • Fonction : Auteur
Liqun Luo
  • Fonction : Auteur
Stein Aerts

Résumé

Abstract The ability to obtain single cell transcriptomes for stable cell types and dynamic cell states is ushering in a new era for biology. We created the Tabula Drosophilae , a single cell atlas of the adult fruit fly which includes 580k cells from 15 individually dissected sexed tissues as well as the entire head and body. Over 100 researchers from the fly community contributed annotations to >250 distinct cell types across all tissues. We provide an in-depth analysis of cell type-related gene signatures and transcription factor markers, as well as sexual dimorphism, across the whole animal. Analysis of common cell types that are shared between tissues, such as blood and muscle cells, allowed the discovery of rare cell types and tissue-specific subtypes. This atlas provides a valuable resource for the entire Drosophila community and serves as a comprehensive reference to study genetic perturbations and disease models at single cell resolution.
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2021.07.04.451050v1.full-2.pdf (31.21 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-03445082 , version 1 (25-11-2021)

Identifiants

Citer

Hongjie Li, Jasper Janssens, Maxime de Waegeneer, Sai Saroja Kolluru, Kristofer Davie, et al.. Fly Cell Atlas: a single-cell transcriptomic atlas of the adult fruit fly. 2021. ⟨hal-03445082⟩
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