A virus-encoded microRNA contributes to evade innate immune response during SARS-CoV-2 infection
Meetali Singh
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Maxime Chazal
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Piergiuseppe Quarato
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Loan Bourdon
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Christophe Malabat
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Thomas Vallet
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Marco Vignuzzi
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Sylvie van Der Werf
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Sylvie Behillil
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Flora Donati
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Nathalie Sauvonnet
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Giulia Nigro
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Maryline Bourgine
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Nolwenn Jouvenet
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Germano Cecere
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Mécanismes de l'Hérédité épigénétique / Mechanisms of epigenetic inheritance
2 Signalisation antivirale - Virus sensing and signaling
3 Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB
4 Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis
5 CNR - laboratoire coordonnateur - Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris]
6 BCI - Département de Biologie cellulaire et infection - Department of Cell Biology and infection
7 Microenvironnement et Immunité - Microenvironment and Immunity
8 Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys
9 Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology
2 Signalisation antivirale - Virus sensing and signaling
3 Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB
4 Populations virales et Pathogenèse - Viral Populations and Pathogenesis
5 CNR - laboratoire coordonnateur - Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris]
6 BCI - Département de Biologie cellulaire et infection - Department of Cell Biology and infection
7 Microenvironnement et Immunité - Microenvironment and Immunity
8 Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys
9 Virologie Moléculaire et Vaccinologie / Molecular Virology and Vaccinology
Meetali Singh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800675
- ORCID : 0000-0002-5783-073X
Maxime Chazal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 746903
- IdHAL : maxime-chazal
Piergiuseppe Quarato
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800676
- ORCID : 0000-0003-3839-3383
Loan Bourdon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800870
- ORCID : 0000-0001-7502-753X
Thomas Vallet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805146
- ORCID : 0000-0001-7775-7448
Marco Vignuzzi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760931
- ORCID : 0000-0002-4400-771X
- IdRef : 061646814
Sylvie van Der Werf
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1202918
- IdHAL : sylvie-van-der-werf
- ORCID : 0000-0002-1148-4456
- IdRef : 070954534
Sylvie Behillil
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774966
- ORCID : 0000-0002-1520-5020
Flora Donati
- Fonction : Auteur
- PersonId : 745633
- IdHAL : flora-donati
- ORCID : 0000-0003-2862-9751
Nathalie Sauvonnet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 185071
- IdHAL : nathalie-sauvonnet
- ORCID : 0000-0003-0306-3376
- IdRef : 143375903
Giulia Nigro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 184084
- IdHAL : giulia-nigro
- ORCID : 0000-0002-1014-7394
- IdRef : 253124794
Maryline Bourgine
- Fonction : Auteur
- PersonId : 746457
- IdHAL : maryline-bourgine
- ORCID : 0000-0002-8850-8073
- IdRef : 119200260
Nolwenn Jouvenet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 777248
- ORCID : 0000-0001-6103-6048
- IdRef : 195239229
Germano Cecere
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- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 751488
- IdHAL : germano-cecere
- ORCID : 0000-0001-5912-3417
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Résumé
SARS-CoV-2 infection results in impaired interferon response in severe COVID-19 patients. However, how SARS-CoV-2 interferes with host immune response is incompletely understood. Here, we sequenced small RNAs from SARS-CoV-2-infected human cells and identified a micro-RNA (miRNA) encoded in a recently evolved region of the viral genome. We show that the virus-encoded miRNA produces two miRNA isoforms in infected cells by the enzyme Dicer and they are loaded into Argonaute proteins. Moreover, the predominant miRNA isoform targets the 3’UTR of interferon-stimulated genes and represses their expression in a miRNA-like fashion. Finally, the two viral miRNA isoforms were detected in nasopharyngeal swabs from COVID-19 patients. We propose that SARS-CoV-2 employs a virus-encoded miRNA to hijack the host miRNA machinery and evade the interferon-mediated immune response.