FORK-seq: Single-Molecule Profiling of DNA Replication - CNRS - Centre national de la recherche scientifique Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Methods in Molecular Biology Année : 2022

FORK-seq: Single-Molecule Profiling of DNA Replication

Résumé

Most genome replication mapping methods profile cell populations, masking cell-to-cell heterogeneity. Here, we describe FORK-seq, a nanopore sequencing method to map replication of single DNA molecules at 200 nucleotide resolution using a nanopore current interpretation tool allowing the quantification of BrdU incorporation. Along pulse-chased replication intermediates from Saccharomyces cerevisiae, we can orient replication tracks and reproduce population-based replication directionality profiles. Additionally, we can map individual initiation and termination events. Thus, FORK-seq reveals the full extent of cell-to-cell heterogeneity in DNA replication.
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Licence : Domaine public
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Dates et versions

hal-03817454 , version 1 (11-12-2023)

Identifiants

Citer

Magali Hennion, Bertrand Theulot, Jean-Michel Arbona, Benjamin Audit, Olivier Hyrien. FORK-seq: Single-Molecule Profiling of DNA Replication. Methods in Molecular Biology, 2022, Yeast Functional Genomics. Methods and Protocols, 2477, pp.107 - 128. ⟨10.1007/978-1-0716-2257-5_8⟩. ⟨hal-03817454⟩
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