DNA methylation networks underlying mammalian traits - CNRS - Centre national de la recherche scientifique Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Science Année : 2023

DNA methylation networks underlying mammalian traits

Amin Haghani , Caesar Li , Todd Robeck , Joshua Zhang , Ake Lu , Julia Ablaeva , Victoria Acosta-Rodríguez , Danielle Adams , Abdulaziz Alagaili , Javier Almunia , Ajoy Aloysius , Nabil M.S. Amor , Reza Ardehali , Adriana Arneson , C. Scott Baker , Gareth Banks , Katherine Belov , Nigel Bennett , Peter Black , Daniel Blumstein , Eleanor Bors , Charles Breeze , Robert Brooke , Janine Brown , Gerald Carter , Alex Caulton , Julie Cavin , Lisa Chakrabarti , Ioulia Chatzistamou , Andreas Chavez , Hao Chen , Kaiyang Cheng , Priscila Chiavellini , Oi-Wa Choi , Shannon Clarke , Joseph Cook , Lisa Cooper , Marie-Laurence Cossette , Joanna Day , Joseph Deyoung , Stacy Dirocco , Christopher Dold , Jonathan Dunnum , Erin Ehmke , Candice Emmons , Stephan Emmrich , Ebru Erbay , Claire Erlacher-Reid , Chris Faulkes , Zhe Fei , Steven Ferguson , Carrie Finno , Jennifer Flower , Jean-Michel Gaillard , Eva Garde , Livia Gerber , Vadim Gladyshev , Rodolfo Goya , Matthew Grant , Carla Green , M. Bradley Hanson , Daniel Hart , Martin Haulena , Kelsey Herrick , Andrew Hogan , Carolyn Hogg , Timothy Hore , Taosheng Huang , Juan Carlos Izpisua Belmonte , Anna Jasinska , Gareth Jones , Eve Jourdain , Olga Kashpur , Harold Katcher , Etsuko Katsumata , Vimala Kaza , Hippokratis Kiaris , Michael Kobor , Pawel Kordowitzki , William Koski , Michael Krützen , Soo Bin Kwon , Brenda Larison , Sang-Goo Lee , Marianne Lehmann , Jean-François Lemaître Lemaître (1, 2, 3) , Andrew Levine , Xinmin Li , Cun Li , Andrea Lim , David Lin , Dana Lindemann , Schuyler Liphardt , Thomas Little , Nicholas Macoretta , Dewey Maddox , Craig Matkin , Julie Mattison , Matthew Mcclure , June Mergl , Jennifer Meudt , Gisele Montano , Khyobeni Mozhui , Jason Munshi-South , William Murphy , Asieh Naderi , Martina Nagy , Pritika Narayan , Peter Nathanielsz , Ngoc Nguyen , Christof Niehrs , Batsaikhan Nyamsuren , Justine O’brien , Perrie O’tierney Ginn , Duncan Odom , Alexander Ophir , Steve Osborn , Elaine Ostrander , Kim Parsons , Kimberly Paul , Amy Pedersen , Matteo Pellegrini , Katharina Peters , Jessica Petersen , Darren Pietersen , Gabriela Pinho , Jocelyn Plassais , Jesse Poganik , Natalia Prado , Pradeep Reddy , Benjamin Rey , Beate Ritz , Jooke Robbins , Magdalena Rodriguez , Jennifer Russell , Elena Rydkina , Lindsay Sailer , Adam Salmon , Akshay Sanghavi , Kyle Schachtschneider , Dennis Schmitt , Todd Schmitt , Lars Schomacher , Lawrence Schook , Karen Sears , Ashley Seifert , Aaron B.A. Shafer , Anastasia Shindyapina , Melanie Simmons , Kavita Singh , Ishani Sinha , Jesse Slone , Russel Snell , Elham Soltanmohammadi , Matthew Spangler , Maria Spriggs , Lydia Staggs , Nancy Stedman , Karen Steinman , Donald Stewart , Victoria Sugrue , Balazs Szladovits , Joseph Takahashi , Masaki Takasugi , Emma Teeling , Michael Thompson , Bill van Bonn , Sonja Vernes , Diego Villar , Harry Vinters , Ha Vu , Mary Wallingford , Nan Wang , Gerald Wilkinson , Robert Williams , Qi Yan , Mingjia Yao , Brent Young , Bohan Zhang , Zhihui Zhang , Yang Zhao , Peng Zhao , Wanding Zhou , Joseph Zoller , Jason Ernst , Andrei Seluanov , Vera Gorbunova , X. William Yang , Ken Raj , Steve Horvath
Amin Haghani
Caesar Li
Todd Robeck
Joshua Zhang
Ake Lu
Julia Ablaeva
Victoria Acosta-Rodríguez
Danielle Adams
Abdulaziz Alagaili
Javier Almunia
Ajoy Aloysius
Nabil M.S. Amor
Reza Ardehali
Adriana Arneson
C. Scott Baker
Gareth Banks
Katherine Belov
Nigel Bennett
Peter Black
Daniel Blumstein
Eleanor Bors
Charles Breeze
Robert Brooke
Janine Brown
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Gerald Carter
Alex Caulton
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Joseph Zoller
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Andrei Seluanov
Vera Gorbunova
X. William Yang
Ken Raj
Steve Horvath

Résumé

Using DNA methylation profiles ( n = 15,456) from 348 mammalian species, we constructed phyloepigenetic trees that bear marked similarities to traditional phylogenetic ones. Using unsupervised clustering across all samples, we identified 55 distinct cytosine modules, of which 30 are related to traits such as maximum life span, adult weight, age, sex, and human mortality risk. Maximum life span is associated with methylation levels in HOXL subclass homeobox genes and developmental processes and is potentially regulated by pluripotency transcription factors. The methylation state of some modules responds to perturbations such as caloric restriction, ablation of growth hormone receptors, consumption of high-fat diets, and expression of Yamanaka factors. This study reveals an intertwined evolution of the genome and epigenome that mediates the biological characteristics and traits of different mammalian species.

Dates et versions

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Citer

Amin Haghani, Caesar Li, Todd Robeck, Joshua Zhang, Ake Lu, et al.. DNA methylation networks underlying mammalian traits. Science, 2023, 381 (6658), ⟨10.1126/science.abq5693⟩. ⟨hal-04187844⟩
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