Synthèse et caractérisation de nouveaux amphipols, polymères amphiphiles dédiés à l’étude de protéines membranaires - Laboratoire de biologie physico-chimique des protéines membranaires
Thèse Année : 2019

Synthesis and characterization of new amphipols, amphiphilic polymers for the membrane protein study

Synthèse et caractérisation de nouveaux amphipols, polymères amphiphiles dédiés à l’étude de protéines membranaires

Résumé

Membrane proteins (PMs) play an essential role in several biological processes vital to proper functioning of the organism. Involved in many pathologies, they constitute more than 60% of current therapeutic targets. However, their study is often very tricky, therefore they represent less than 2% of overall structures solved and listed in the Protein Data Bank (PDB). Indeed, the PMs are conventionally extracted from their native lipid environment in the presence of commercially available detergents and kept soluble in the aqueous solution within mixed micelles whereas their stability were not guaranteed for extended periods. This instability results from unfavorable interactions between PM and surrounding detergents that lead to denaturation (resulting in loss of biological activity) and aggregation (generating precipitation) of PM thereby compromising structural and functional studies. Since the 1990s, new amphiphilic molecular (surfactants), macromolecular (amphiphilic polymers or amphipols) and supramolecular (nanodiscs, bicelles ...) systems aiming at improving the stability of the PMs extracted from their native membrane have been developed. My host laboratory is a pioneer in the development of amphipols whose a best characterized version is the A8-35 amphipol, derived from poly(acrylic) acid endowed with octyl side chains. The latter was quickly found to be one of the most relevant alternatives to commercial detergents, by forming, after exchange with the detergent, small stable PMs-APols complexes of well-defined size. More than a decade later, styrene and maleic acid copolymers (SMAs) were used to extract and stabilize the PMs within structures like lipodiscs. Thus, in a first part of this thesis, we were interested in the impact of the nature (linear or cyclic) side chains on the physicochemical and biochemical properties of amphipols. We have synthesized some new A8-35-like amphipols with cyclic aliphatic (yielding CyclAPols) or aromatic (yielding ArylAPols) side chains. Comparison of their properties with those of SMAs and A8-35, showed that these new polymers solubilized efficiently different types of biological membranes and stabilized the tested model PMs. Within the context of research and development of new structures, we were also interested in the impact of the nature (cyclic or linear) of the polar moieties on the properties of an uncharged amphipol. We tried to design this new polymer according to a previously existing neutral amphipol (NAPol) model that derived from tris (hydroxymethyl) acrylamidomethane (THAM) and which has been developed in collaboration with a partner laboratory: we chose to substitute the glucose groups that ensure NAPol water solubility with tetra(ethylene) glycol chains. In the second part of this thesis, we reported all the investigations and synthesis work concerning the development of this new neutral amphipol (PEGAPol) comprising linear polar groups of poly(ethylene) glycol (PEG). Due to the imposed deadlines, we could yield only one structure that derived from a polymerizable form of a commercially available detergent, the C8E4. The optimization of the PEGAPol synthesis as well as the study of its physicochemical and biochemical properties remain to be investigated.
Les protéines membranaires (PMs) jouent un rôle déterminant dans de nombreux processus biologiques essentiels au bon fonctionnement de l’organisme. Impliquées dans de nombreuses pathologies, elles constituent plus de 60 % des cibles thérapeutiques actuelles. Cependant, leur étude s’avérant très souvent délicate, elles représentent moins de 2 % des structures résolues et répertoriées dans la banque de données des protéines (PDB). En effet, les PMs sont conventionnellement extraites de leur milieu lipidique natif en présence de détergents commerciaux permettant leur maintien en phase aqueuse au sein de micelles mixtes mais ne garantissant pas pour autant leur stabilité sur des périodes prolongées. Cette instabilité résulte d’interactions défavorables s’établissant entre la PM et les détergents environnants pour conduire à la dénaturation (entraînant la perte d’activité biologique) et à l’agrégation (générant la précipitation) de la PM compromettant ainsi les études structurales et fonctionnelles. En conséquence, depuis les années 90, de nouveaux systèmes amphiphiles moléculaires (tensioactifs), macromoléculaires (polymères amphiphiles ou amphipols) et supramoléculaires (nanodisques, bicelles…) visant à garantir une meilleure stabilité des PMs extraites de leur membrane native ont été développés. Mon laboratoire d’accueil est le laboratoire pionnier des amphipols dont la version la plus connue est l’amphipol A8-35, dérivé de l’acide poly(acrylique) comportant des chaînes latérales octyle. Ce dernier s’est rapidement révélé comme étant une des alternatives les plus pertinentes aux détergents commerciaux, en formant après échange avec le détergent, de petits complexes PMs-APols stables et de taille bien définie. Plus d’une décennie se sera écoulée avant que certains copolymères du styrène et de l’acide maléique, les SMAs, ne soient connus pour permettre l’extraction et la stabilisation des PMs maintenues alors au sein de structures type lipodisque. Ainsi, dans une première partie de ce travail de thèse, nous nous sommes intéressés à l’impact de la nature (linéaire ou cyclique) des chaînes latérales sur les propriétés physicochimiques et biochimiques des amphipols. Nous avons synthétisé de nouveaux amphipols analogues de l’A8-35 comportant des chaînes latérales cycliques aliphatiques (pour obtenir des CyclAPols) ou aromatiques (pour obtenir des ArylAPols). La comparaison de leurs propriétés avec celles des SMAs et l’A8-35, a montré que ces nouveaux composés solubilisaient efficacement différents types de membranes biologiques et stabilisaient les PMs modèles testées. Dans la continuité de la recherche et développement de nouvelles structures, nous nous sommes intéressés à l’impact de la nature (cyclique ou linéaire) des parties polaires sur les propriétés d’un amphipol non chargé. Nous avons pris modèle sur un amphipol neutre (NAPol) dérivant du tris-(hydroxymethyl)acrylamidométhane (THAM) préalablement existant et développé en collaboration avec un laboratoire partenaire. L’hydrosolubilité de ce NAPol étant conférée par la présence de groupement glucose, nous avons envisagé la possibilité de remplacer avantageusement les groupements sucres par des chaînes tétra(éthylène)glycol. Dans la deuxième partie de cette thèse nous avons rapporté tout le travail d’investigation et de synthèse concernant l’élaboration d’un nouvel amphipol (PEGAPol) neutre comportant des groupements polaires linéaires de type poly(éthylène) glycol (PEG). En raison des délais imposés, une seule structure a pu être obtenue. Elle dérive d’une forme polymérisable d’un détergent commercial, le C8E4. L’optimisation de la synthèse de ce PEGAPol ainsi que l’étude de ses propriétés physicochimiques et biochimiques restent des domaines à explorer.

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Citer

Anais Marconnet. Synthèse et caractérisation de nouveaux amphipols, polymères amphiphiles dédiés à l’étude de protéines membranaires. Biologie cellulaire. Université Paris Cité, 2019. Français. ⟨NNT : 2019UNIP7092⟩. ⟨tel-04749879⟩
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