Generating High-Resolution Hi-C Contact Maps of Bacteria
Agnès Thierry
,
Charlotte Cockram
Chapitre d'ouvrage
pasteur-03686079v1
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Filling the gap: Micro-C accesses the nucleosomal fiber at 100-1000 bp resolution.
Julien Mozziconacci
,
Romain Koszul
Article dans une revue
pasteur-01420328v1
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High-throughput identification of viral termini and packaging mechanisms in virome datasets using PhageTermVirome
Julian R. Garneau
,
Véronique Legrand
,
Martial Marbouty
,
Maximilian O. Press
,
Dean R. Vik
,
et al.
Article dans une revue
pasteur-03369740v1
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Smc3 acetylation, Pds5 and Scc2 control the translocase activity that establishes cohesin-dependent chromatin loops
Nathalie Bastié
,
Christophe Chapard
,
Lise Dauban
,
Olivier Gadal
,
Frederic Beckouet
,
et al.
Article dans une revue
hal-03697578v1
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Scaffolding bacterial genomes and probing host-virus interactions in gut microbiome by proximity ligation (chromosome capture) assay
Martial Marbouty
,
Lyam Baudry
,
Axel Cournac
,
Romain Koszul
Article dans une revue
pasteur-02866658v1
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3D genome reconstruction from chromosomal contacts
Annick Lesne
,
Julien Riposo
,
Paul Roger
,
Axel Cournac
,
Julien Mozziconacci
Article dans une revue
hal-02324120v1
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Genome-wide chromatin and expression datasets of various pathogenic ascomycetes
Sébastien Bloyer
,
Romain Koszul
Autre publication scientifique
hal-03722802v1
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Effect of nuclear architecture on the efficiency of double-strand break repair
Neta Agmon
,
Batia Liefshitz
,
Christophe Zimmer
,
Emmanuelle Fabre
,
Martin Kupiec
Article dans une revue
pasteur-02446715v1
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Multiscale Structuring of the E. coli Chromosome by Nucleoid-Associated and Condensin Proteins
Virginia S. Lioy
,
Axel Cournac
,
Martial Marbouty
,
Stéphane Duigou
,
Julien Mozziconacci
,
et al.
Article dans une revue
hal-02180787v1
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Chromosome folding and prophage activation reveal specific genomic architecture for intestinal bacteria
Quentin Lamy-Besnier
,
Amaury Bignaud
,
Julian R Garneau
,
Marie Titecat
,
Devon E Conti
,
et al.
Article dans une revue
pasteur-04158849v1
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Condensin- and Replication-Mediated Bacterial Chromosome Folding and Origin Condensation Revealed by Hi-C and Super-resolution Imaging.
Martial Marbouty
,
Antoine Le gall
,
Diego I Cattoni
,
Axel Cournac
,
Alan Koh
,
et al.
Article dans une revue
pasteur-01419993v1
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A Proximity Ligation-Based Method for Quantitative Measurement of D-Loop Extension in S. cerevisiae
Aurele Piazza
,
Romain Koszul
,
Wolf-Dietrich Heyer
Mechanisms of DNA Recombination and Genome Rearrangements: Intersection between Homologous Recombination, DNA Replication and DNA Repair , 601, pp.27-44, 2018, Methods in enzymology, 978-0-12-813979-0.
⟨10.1016/bs.mie.2017.11.024⟩
Chapitre d'ouvrage
pasteur-02868112v1
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Gateway to genetic exchange? DNA double-strand breaks in the bdelloid rotifer Adineta vaga submitted to desiccation.
B Hespeels
,
K Knapen
,
D Hanot-Mambres
,
A-C Heuskin
,
F Pineux
,
et al.
Article dans une revue
pasteur-01420001v1
Actions
L'organisation 3D des chromosomes synthétiques de levure
Guillaume Mercy
Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]. Sorbonne Université, 2018. Français.
⟨NNT : 2018SORUS034⟩
Thèse
tel-02111002v1
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Generation of gene-level resolution chromosome contact maps in bacteria and archaea
Charlotte Cockram
,
Agnès Thierry
,
Romain Koszul
Article dans une revue
pasteur-03376845v1
Actions
Generation of a Metagenomics Proximity Ligation 3C Library of a Mammalian Gut Microbiota
Théo Foutel-Rodier
,
Agnès Thierry
,
Romain Koszul
,
Martial Marbouty
High-Density Sequencing Applications in Microbial Molecular Genetics , 612, pp.183-195, 2018, Methods in Enzymology, 978-0-12-815993-4.
⟨10.1016/bs.mie.2018.08.001⟩
Chapitre d'ouvrage
pasteur-02866616v1
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Metagenomes Binning Using Proximity-Ligation Data
Martial Marbouty
,
Romain Koszul
Chapitre d'ouvrage
pasteur-03369745v1
Actions
The silencing factor Sir3 is a molecular bridge that sticks together distant loci
Myriam Ruault
,
Vittore F Scolari
,
Luciana Lazar-Stefanita
,
Antoine Hocher
,
Isabelle Loïodice
,
et al.
2020
Pré-publication, Document de travail
hal-03013702v1
Actions
Kinetic Signature of Cooperativity in the Irreversible Collapse of a Polymer
Vittore F Scolari
,
Guillaume Mercy
,
Romain Koszul
,
Annick Lesne
,
Julien Mozziconacci
Article dans une revue
hal-01992814v1
Actions
Gene level resolution of bacteria and archaea genome folding
Charlotte Cockram
,
Agnès Thierry
,
Roxane Lestini
,
Romain Koszul
2021
Pré-publication, Document de travail
hal-03106900v1
Actions
Transcription-induced domains form the elementary constraining building blocks of bacterial chromosomes
Amaury Bignaud
,
Charlotte Cockram
,
Céline Borde
,
Justine Groseille
,
Eric Allemand
,
et al.
Article dans une revue
hal-04468362v1
Actions
High-quality genome (re)assembly using chromosomal contact data
Hervé Marie-Nelly
,
Martial Marbouty
,
Axel Cournac
,
Jean-François Flot
,
Gianni Liti
,
et al.
Article dans une revue
hal-01138788v1
Actions
A single microfluidic device for multi-omics analysis sample preparation
Yann Verdier
,
Ravi Kumar Ranjith Kumar
,
Iman Haddad
,
Martial Marbouty
,
Joelle Vinh
39TH FRENCH DAYS OF MASS SPECTROMETRY , Société Française de Spectrométrie de Masse, Sep 2023, Marseille, France
Communication dans un congrès
hal-04228697v1
Actions
Computer vision for pattern detection in chromosome contact maps
Cyril Matthey-Doret
,
Lyam Baudry
,
Axel Breuer
,
Rémi Montagne
,
Nadège Guiglielmoni
,
et al.
Article dans une revue
pasteur-03263561v1
Actions
Plasmodium falciparum population dynamics in a cohort of pregnant women in Senegal
Juliette Guitard
,
Pernille Andersen
,
Caroline Ermont
,
Sédami Gnidehou
,
Nadine Fievet
,
et al.
Article dans une revue
hal-03962282v1
Actions
Closed and high quality bacterial genomes of the Oligo Mouse Microbiota community
Quentin Lamy-Besnier
,
Romain Koszul
,
Laurent Debarbieux
,
Martial Marbouty
Article dans une revue
pasteur-03204821v1
Actions
3D organization of synthetic and scrambled chromosomes
Guillaume Mercy
,
Julien Mozziconacci
,
Vittore F Scolari
,
Kun Yang
,
Guanghou Zhao
,
et al.
Article dans une revue
pasteur-01523221v1
Actions
Generation and Analysis of Chromosomal Contact Maps of Yeast Species.
Axel Cournac
,
Martial Marbouty
,
Julien Mozziconacci
,
Romain Koszul
Article dans une revue
pasteur-01419912v1
Actions
Evidence for a dual role of actin in regulating chromosome organization and dynamics in yeast.
Maya Spichal
,
Alice Brion
,
Sébastien Herbert
,
Axel Cournac
,
Martial Marbouty
,
et al.
Article dans une revue
pasteur-01419905v1
Actions
Beyond the bounds of evolution: Synthetic chromosomes… How and what for?
Romain Koszul
Article dans une revue
pasteur-01419924v1
Actions