Molecular phylogeny of Eubacteria: a new multiple tree analysis method applied to 15 sequence data sets questions the monophyly of Gram-positive bacteria
Résumé
Phylogenetic relationships between the major eubacterial phyla were studied using the sequences of 15 homologous bacterial genes. Neither the classical concatenation strategy nor a new multiple tree analysis method involving statistical tests of the inferred phylogenetic relationships provided any (solid) conclusions about eubacterial phylogeny; no pairs of eubacterial phyla proved to be closer to each other in the 15 reconstructed tress than would be expected for trees with random topologies. The phylogeny of Eubacteria therefore appears to be tightly bush-like. Moreover, results from both concatenation and multiple tree analysis raise doubts concerning the monophyly of the so-called Gram-positive bacteria phylum, since the monophyly hypothesis is more strongly supported by data than its alternatives. It is noteworthy that the structural bases for the Gram-positive phenotype are not incompatible with the hypothesis of independent emergence of this character at two different times.
Les relations phylogénétiques entre les principaux phylums eubactériens ont été étudiées par la comparison des séquences de 15 gènes bactériens. Ni la stratégie classique de concaténation ni une nouvelle mðhode d'analyse d'arbres multiples n'ont pu fournir de conclusions sûres concernant la phylogénie des Eubactéries; aucune paire de phylums ne s'est avérée plus fréquemment reliée dans les 15 abres reconstruits que ne le laisseraient espérer des topologies aléatoires des arbres. La phylogénie des Eubactéries apparaît donc comme fortement buissonante. De plus, des résultats provenant aussi bien de la concaténation de s≡uences que de l'analyse d'arbres multiples mettent en doute la cohérence du groupe des bactéries à Gram positif, puisique l'hypothèse de la monophylie de ce groupe n'est pas plus souteneu par les données que ses alternatives. Nous notons par aillerus que les bases structurales constituant le définition du phénotype Gram+ ne sont pas incompatibles avec l'hypothèse de deux apparitions indépendantes de ce caractère.