Interpreting pathways to discover cancer driver genes with Moonlight - CNRS - Centre national de la recherche scientifique
Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2020

Interpreting pathways to discover cancer driver genes with Moonlight

Antonio Colaprico
  • Fonction : Auteur
Catharina Olsen
  • Fonction : Auteur
Matthew Bailey
  • Fonction : Auteur
Gabriel Odom
  • Fonction : Auteur
Thilde Terkelsen
  • Fonction : Auteur
Tiago Silva
  • Fonction : Auteur
André Olsen
  • Fonction : Auteur
Laura Cantini
Andrei Zinovyev
Emmanuel Barillot
Houtan Noushmehr
Gloria Bertoli
  • Fonction : Auteur
Isabella Castiglioni
  • Fonction : Auteur
Claudia Cava
  • Fonction : Auteur
Gianluca Bontempi
  • Fonction : Auteur
Xi Steven Chen
  • Fonction : Auteur
Elena Papaleo

Résumé

Cancer driver gene alterations influence cancer development, occurring in oncogenes, tumor suppressors, and dual role genes. Discovering dual role cancer genes is difficult because of their elusive context-dependent behavior. We define oncogenic mediators as genes controlling biological processes. With them, we classify cancer driver genes, unveiling their roles in cancer mechanisms. To this end, we present Moonlight, a tool that incorporates multiple-omics data to identify critical cancer driver genes. With Moonlight, we analyze 8000+ tumor samples from 18 cancer types, discovering 3310 oncogenic mediators, 151 having dual roles. By incorporating additional data (amplification, mutation, DNA methylation, chromatin accessibility), we reveal 1000+ cancer driver genes, corroborating known molecular mechanisms. Additionally, we confirm critical cancer driver genes by analysing cell-line datasets. We discover inactivation of tumor suppressors in intron regions and that tissue type and subtype indicate dual role status. These findings help explain tumor heterogeneity and could guide therapeutic decisions.
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Dates et versions

hal-03001026 , version 1 (12-11-2020)

Identifiants

Citer

Antonio Colaprico, Catharina Olsen, Matthew Bailey, Gabriel Odom, Thilde Terkelsen, et al.. Interpreting pathways to discover cancer driver genes with Moonlight. Nature Communications, 2020, 11 (1), ⟨10.1038/s41467-019-13803-0⟩. ⟨hal-03001026⟩

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