Les sciences du vivant et de la Terre (SVT) mobilisent des démarches et des raisonnements des sciences fonctionnalistes et des sciences historiques. Pourtant, l'enseignement des SVT dans le secondaire français est aujourd'hui très orienté vers les démarches de type fonctionnaliste, impliquant des phases d'expérimentation, et laisse peu de place à l'épistémologie des sciences historiques. L'étude présentée montre comment ce déséquilibre peut se traduire dans des démarches d'enseignement. Face à un objet d'étude relevant des sciences historiques, l'arbre phylogénétique, nous constatons que l'enseignant est amené à proposer une démarche fonctionnaliste, en lieu et place de la démarche historique qui serait pourtant appropriée. Ainsi, restreindre les SVT au seul cadre fonctionnaliste semble contraindre la réflexion et empêcher l'enseignement des différentes modalités épistémologiques de ce vaste champ disciplinaire, notamment des modes de validation autres qu'expérimentaux. Cette tendance, repérée à la fois dans les textes programmatiques et dans les pratiques enseignantes, révèle peut-être un rapport pour le moins délicat à l'incertitude dans l'enseignement des sciences, en partie déconnecté de l'épistémologie scientifique contemporaine.