Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly - CNRS - Centre national de la recherche scientifique Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Science Année : 2022

Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly

Hongjie Li (1) , Jasper Janssens , Maxime de Waegeneer , Sai Saroja Kolluru , Kristofer Davie , Vincent Gardeux , Wouter Saelens , Fabrice David , Maria Brbić , Katina Spanier , Jure Leskovec , Colleen Mclaughlin , Qijing Xie , Robert Jones , Katja Brueckner , Jiwon Shim , Sudhir Gopal Tattikota , Frank Schnorrer (2) , Katja Rust , Todd Nystul , Zita Carvalho-Santos , Carlos Ribeiro , Soumitra Pal , Sharvani Mahadevaraju , Teresa Przytycka , Aaron Allen , Stephen Goodwin , Cameron Berry , Margaret Fuller , Helen White-Cooper , Erika Matunis , Stephen Dinardo , Anthony Galenza , Lucy Erin O’brien , Julian Dow , Heinrich Jasper , Brian Oliver , Norbert Perrimon , Bart Deplancke , Stephen Quake , Liqun Luo , Stein Aerts , Devika Agarwal , Yasir Ahmed-Braimah , Michelle Arbeitman , Majd Ariss , Jordan Augsburger , Kumar Ayush , Catherine Baker , Torsten Banisch , Katja Birker , Rolf Bodmer , Benjamin Bolival , Susanna Brantley , Julie Brill , Nora Brown , Norene Buehner , Xiaoyu Tracy Cai , Rita Cardoso-Figueiredo , Fernando Casares , Amy Chang , Thomas Clandinin , Sheela Crasta , Claude Desplan , Angela Detweiler , Darshan Dhakan , Erika Donà , Stefanie Engert , Swann Floc’hlay , Nancy George , Amanda González-Segarra , Andrew Groves , Samantha Gumbin , Yanmeng Guo , Devon Harris , Yael Heifetz , Stephen Holtz , Felix Horns , Bruno Hudry , Ruei-Jiun Hung , Yuh Nung Jan , Jacob Jaszczak , Gregory Jefferis , Jim Karkanias , Timothy Karr , Nadja Sandra Katheder , James Kezos , Anna Kim , Seung Kim , Lutz Kockel , Nikolaos Konstantinides , Thomas Kornberg , Henry Krause , Andrew Thomas Labott , Meghan Laturney , Ruth Lehmann , Sarah Leinwand , Jiefu Li , Joshua Shing Shun Li , Kai Li , Ke Li , Liying Li , Tun Li , Maria Litovchenko , Han-Hsuan Liu , Yifang Liu , Tzu-Chiao Lu , Jonathan Manning , Anjeli Mase , Mikaela Matera-Vatnick , Neuza Reis Matias , Caitlin Mcdonough-Goldstein , Aaron Mcgeever , Alex Mclachlan , Paola Moreno-Roman , Norma Neff , Megan Neville , Sang Ngo , Tanja Nielsen , Caitlin O’brien , David Osumi-Sutherland , Mehmet Neset Özel , Irene Papatheodorou , Maja Petkovic , Clare Pilgrim , Angela Oliveira Pisco , Carolina Reisenman , Erin Nicole Sanders , Gilberto dos Santos , Kristin Scott , Aparna Sherlekar , Philip Shiu , David Sims , Rene Sit , Maija Slaidina , Harold Smith , Gabriella Sterne , Yu-Han Su , Daniel Sutton , Marco Tamayo , Michelle Tan , Ibrahim Tastekin , Christoph Treiber , David Vacek , Georg Vogler , Scott Waddell , Wanpeng Wang , Rachel Wilson , Mariana Wolfner , Yiu-Cheung Wong , Anthony Xie , Jun Xu , Shinya Yamamoto , Jia Yan , Zepeng Yao , Kazuki Yoda , Ruijun Zhu , Robert Zinzen
Jasper Janssens
Maxime de Waegeneer
Sai Saroja Kolluru
  • Fonction : Auteur
Kristofer Davie
Vincent Gardeux
Wouter Saelens
Fabrice David
Maria Brbić
Katina Spanier
Jure Leskovec
Colleen Mclaughlin
Qijing Xie
Robert Jones
Katja Brueckner
  • Fonction : Auteur
Jiwon Shim
Sudhir Gopal Tattikota
Katja Rust
Todd Nystul
Zita Carvalho-Santos
Carlos Ribeiro
Soumitra Pal
Sharvani Mahadevaraju
Teresa Przytycka
Aaron Allen
Stephen Goodwin
Cameron Berry
Margaret Fuller
Helen White-Cooper
Erika Matunis
Stephen Dinardo
Anthony Galenza
Lucy Erin O’brien
  • Fonction : Auteur
Julian Dow
Heinrich Jasper
  • Fonction : Auteur
Brian Oliver
Norbert Perrimon
Bart Deplancke
Stephen Quake
Liqun Luo
Stein Aerts
Devika Agarwal
  • Fonction : Auteur
Yasir Ahmed-Braimah
  • Fonction : Auteur
Michelle Arbeitman
  • Fonction : Auteur
Majd Ariss
  • Fonction : Auteur
Jordan Augsburger
  • Fonction : Auteur
Kumar Ayush
  • Fonction : Auteur
Catherine Baker
  • Fonction : Auteur
Torsten Banisch
  • Fonction : Auteur
Katja Birker
  • Fonction : Auteur
Rolf Bodmer
  • Fonction : Auteur
Benjamin Bolival
  • Fonction : Auteur
Susanna Brantley
  • Fonction : Auteur
Julie Brill
  • Fonction : Auteur
Nora Brown
  • Fonction : Auteur
Norene Buehner
  • Fonction : Auteur
Xiaoyu Tracy Cai
  • Fonction : Auteur
Rita Cardoso-Figueiredo
  • Fonction : Auteur
Fernando Casares
  • Fonction : Auteur
Amy Chang
  • Fonction : Auteur
Thomas Clandinin
  • Fonction : Auteur
Sheela Crasta
  • Fonction : Auteur
Claude Desplan
  • Fonction : Auteur
Angela Detweiler
  • Fonction : Auteur
Darshan Dhakan
  • Fonction : Auteur
Erika Donà
  • Fonction : Auteur
Stefanie Engert
  • Fonction : Auteur
Swann Floc’hlay
  • Fonction : Auteur
Nancy George
  • Fonction : Auteur
Amanda González-Segarra
  • Fonction : Auteur
Andrew Groves
  • Fonction : Auteur
Samantha Gumbin
  • Fonction : Auteur
Yanmeng Guo
  • Fonction : Auteur
Devon Harris
  • Fonction : Auteur
Yael Heifetz
  • Fonction : Auteur
Stephen Holtz
  • Fonction : Auteur
Felix Horns
  • Fonction : Auteur
Bruno Hudry
  • Fonction : Auteur
Ruei-Jiun Hung
  • Fonction : Auteur
Yuh Nung Jan
  • Fonction : Auteur
Jacob Jaszczak
  • Fonction : Auteur
Gregory Jefferis
  • Fonction : Auteur
Jim Karkanias
  • Fonction : Auteur
Timothy Karr
  • Fonction : Auteur
Nadja Sandra Katheder
  • Fonction : Auteur
James Kezos
  • Fonction : Auteur
Anna Kim
  • Fonction : Auteur
Seung Kim
  • Fonction : Auteur
Lutz Kockel
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Nikolaos Konstantinides
Thomas Kornberg
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Henry Krause
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Andrew Thomas Labott
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Meghan Laturney
  • Fonction : Auteur
Ruth Lehmann
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Sarah Leinwand
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Jiefu Li
  • Fonction : Auteur
Joshua Shing Shun Li
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Kai Li
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Ke Li
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Liying Li
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Tun Li
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Maria Litovchenko
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Han-Hsuan Liu
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Yifang Liu
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Tzu-Chiao Lu
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Jonathan Manning
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Anjeli Mase
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Mikaela Matera-Vatnick
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Neuza Reis Matias
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Caitlin Mcdonough-Goldstein
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Aaron Mcgeever
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Alex Mclachlan
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Paola Moreno-Roman
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Norma Neff
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Megan Neville
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Sang Ngo
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Tanja Nielsen
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Caitlin O’brien
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David Osumi-Sutherland
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Mehmet Neset Özel
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Irene Papatheodorou
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Maja Petkovic
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Clare Pilgrim
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Angela Oliveira Pisco
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Carolina Reisenman
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Erin Nicole Sanders
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Gilberto dos Santos
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Kristin Scott
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Aparna Sherlekar
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Philip Shiu
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David Sims
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Gabriella Sterne
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Yu-Han Su
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Daniel Sutton
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Marco Tamayo
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Michelle Tan
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Ibrahim Tastekin
  • Fonction : Auteur
Christoph Treiber
  • Fonction : Auteur
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Scott Waddell
  • Fonction : Auteur
Wanpeng Wang
  • Fonction : Auteur
Rachel Wilson
  • Fonction : Auteur
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  • Fonction : Auteur
Yiu-Cheung Wong
  • Fonction : Auteur
Anthony Xie
  • Fonction : Auteur
Jun Xu
  • Fonction : Auteur
Shinya Yamamoto
  • Fonction : Auteur
Jia Yan
  • Fonction : Auteur
Zepeng Yao
  • Fonction : Auteur
Kazuki Yoda
  • Fonction : Auteur
Ruijun Zhu
  • Fonction : Auteur
Robert Zinzen
  • Fonction : Auteur

Résumé

For more than 100 years, the fruit fly Drosophila melanogaster has been one of the most studied model organisms. Here, we present a single-cell atlas of the adult fly, Tabula Drosophilae , that includes 580,000 nuclei from 15 individually dissected sexed tissues as well as the entire head and body, annotated to >250 distinct cell types. We provide an in-depth analysis of cell type–related gene signatures and transcription factor markers, as well as sexual dimorphism, across the whole animal. Analysis of common cell types between tissues, such as blood and muscle cells, reveals rare cell types and tissue-specific subtypes. This atlas provides a valuable resource for the Drosophila community and serves as a reference to study genetic perturbations and disease models at single-cell resolution.

Domaines

Biologie animale
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Dates et versions

hal-03795698 , version 1 (17-10-2022)

Identifiants

Citer

Hongjie Li, Jasper Janssens, Maxime de Waegeneer, Sai Saroja Kolluru, Kristofer Davie, et al.. Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly. Science, 2022, 375 (6584), ⟨10.1126/science.abk2432⟩. ⟨hal-03795698⟩
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